Без реквизитов самого требования налоговики не смогут определить, на что отвечала компания. Особенно если запросов было несколько. Раз ответ инспекторы не засчитают, то выпишут штраф в 5 тыс. рублей (п. 1 ст. 129.1 НК РФ).

Компания оформляет ответ на требование в свободной форме, конечно, если не поясняет расхождения в декларации НДС. Но безопаснее начинать пояснения со ссылки на реквизиты требования. Например, "В ответ на требование от 15.09.2017 № 45/890-К…".

Если компания сдала пояснения без ссылки, от штрафа можно отбиться. Ведь специальных требований нет, а пояснения организация дала. Докажите, что ответили на требование. Представьте подтверждение оператора либо копию ответа с отметкой инспекции.