Компания вправе предоставить имущественный вычет с января, даже если работник принес заявление в середине года. В этом случае налоговый агент пересчитает НДФЛ с начала года и вернет деньги «физику» по заявлению (письмо Минфина России от 16.03.2017 № 03-04-06/15201). Ранее компания уже показывала этот НДФЛ как удержанный, поэтому не ясно, уточнять ли отчетность за прошлые периоды.
В письме № БС-4-11/6925@ ФНС пояснила, что уточнять 6-НДФЛ не надо. В прошлых периодах ошибки нет, компания считала все по правилам. А уведомление на вычет - новое обстоятельство, которое нужно учесть в расчете за текущий период.
Вычет, на который компания уже успела уменьшить налог, отразите в строке 030 расчета. В строке 090 покажите НДФЛ, который вернули на счет работника. При этом удержанный налог в строке 070 на этот НДФЛ не уменьшайте.