При передаче актива в уставный капитал в книге продаж регистрируйте первичку, а не счет-фактуру. Тогда у принимающей стороны не будет проблем с вычетом, а налоговики не затребуют пояснений. Такой вывод сделала ФНС в письме от 05.04.17 № 15-3-03/125@ в ответ на запрос регионального УФНС.

Передача имущества в счет вклада в уставный капитал не облагается НДС. Поэтому компания должна восстановить налог, если внесла вклад в уставный капитал основным средством (подп. 1 п. 3 ст. 170 НК РФ). Этот налог принимающая сторона вправе заявить к вычету (п. 11 ст. 170 НК РФ).

Чтобы восстановить налог, компания регистрирует в книге продаж тот же счет-фактуру, по которому раньше заявила вычет с покупки актива. Такие правила записаны в порядке заполнения книги (п. 14 приложения 5 к постановлению Правительства РФ от 26.12.11 № 1137). Но принимающая сторона заявляет вычет на основании первички, которой компания оформляет передачу основного средства (п. 14 приложения 4 к постановлению № 1137). Из этого возникает путаница.
Все операции стороны отражают в декларации, из-за разных правил программа налоговиков «АСК НДС-2» не находит пару счету-фактуре. Поэтому передающая и принимающая стороны получат требования пояснить расхождения.
Чтобы требования не приходили, налоговики в письме № 15-3-03/125@ рекомендуют восстанавливать налог на основании документов о передаче актива. Например, акта приема-передачи. Такой порядок противоречит правилам заполнения книги продаж, но, учитывая мнение ФНС, налоговики вряд ли будут спорить с таким способом.
Минфин и раньше разрешал восстанавливать НДС на основании другого документа, если компания утратила счет-фактуру (письмо Минфина России от 20.05.08 № 03-07-09/10). Кроме того, ФНС сообщила, что вскоре правительство внесет изменения в порядок заполнения книги.
Восстановите налог с остаточной стоимости актива по данным бухгалтерского учета без переоценки. В книге продаж зарегистрируйте акт приема-передачи — заполните номер и дату документа. В графе 13б запишите остаточную стоимость актива, а восстановленный налог — в графе 17.