Не факт, что деньги получится вернуть, но сразу предъявите требования к временной администрации. Банк исполняет требования кредиторов в порядке очередности. Обычно на долги компаниям, которые отрыли счет в банке, уже ничего не остается. Поэтому деньги возвращают лишь частично, а иногда компании и вовсе ничего не достается.
Компания вправе учесть такие суммы в расходах, только когда долг станет безнадежным. А произойдет это после ликвидации банка (п. 2 ст. 266 НК РФ). Списать деньги раньше не получится, даже если процедура банкротства банка длится больше трех лет (письмо Минфина России от 04.03.13 № 03-03-06/1/6313). Включать зависшие суммы в резервы по сомнительным долгам тоже нельзя (письмо Минфина России от 22.03.16 № 03-03-05/15801).
Спишите деньги на расходы, когда банк ликвидируется. Учесть безнадежные долги можно, только если компания предъявляла требование к временной администрации.