Минфин России в письме от 19.01.17 № 03-02-07/1/2145 напоминают, что налог считается уплаченным, как только плательщик предъявляет в банк платежное поручение на перечисление денежных средств со своего счета (если нужная сумма на нем есть) в бюджет на счет казначейства. Налог не признается уплаченным только в двух случаях:

В платежке неверно указан номер счета Федерального казначейства.
В документе проставлено ошибочное наименование банка получателя платежа.

Во всех остальных случаях – например, если вы выбрали неверный КБК – налог будет считаться уплаченным. Для этого просто нужно уточнить платеж: направить в ИФНС документы, подтверждающие уплату налога, и заявление с просьбой уточнить основание, тип, принадлежность платежа, налоговый период или статус плательщика.