Нестандартная нумерация счетов-фактур не лишает покупателя вычетов (письмо от 12.01.17 № 03-07-09/411).
Чтобы из-за нумерации счетов-фактур у покупателя не было проблем, поставщик может в учетной политике закрепить способ присвоения номеров. Если покупатель попросит, то сделайте выписку из политики.