С учетом нового разъяснения Минфина, у поставщика есть два варианта оформления корректировочного счета-фактуры к одному первоначальному:

выставить один корректировочный счет-фактуру, увеличив количество одних товаров и уменьшив количество других;
выставить два корректировочных счета-фактуры. В первом увеличить количество товаров, которых было отгружено больше, чем требовалось. Во втором уменьшить количество тех товаров, которых поставщик привез меньше.

Письмо Минфина России от 17.11.2016 N 03-07-09/67407