Компания вправе не показывать в расчете 6-НДФЛ материальную помощь.
Но только при условии, что выплата полностью освобождена от НДФЛ. Например, это помощь работникам, которые пострадали из-за наводнения (п. 8.3 ст. 217 НК РФ). Такие выплаты компания не показывает и в справке 2-НДФЛ. А значит, и в 6-НДФЛ их отражать не нужно. Если показать выплаты в 6-НДФЛ, то отчеты не сойдутся.