Сейчас Минфин запрещает перечислять НДФЛ до того как сотрудник получит доход (письма от 16.09.2014 № 03-04-06/46268, от 27.10.2015 № 03-04-07/61550). Если компания заплатит налог раньше, эти суммы считаются средствами агента, а не работника (п. 9 ст. 226 НК РФ). Образуется переплата, которую нельзя зачесть. Деньги можно только вернуть по заявлению.
Пока ФНС не выпустила разъяснение, безопаснее перечислять НДФЛ после того, как работник получит доход, а компания удержит налог. Если возникла переплата, то ее надо вернуть. Иначе есть риск, что инспекция оштрафует компанию по статье 123 НК РФ на 20 % от суммы налога. Штрафы пока получается отменить только в суде (постановление Арбитражного суда Московского округа от 28.07.2016 № Ф05-5279/2015).