Поскольку сам продавец не оказывает при этом услугу перевозки, то и счет-фактуру, полученный от перевозчика, он не может просто перевыставить покупателю от своего имени (Письма Минфина от 22.10.2013 N 03-07-09/44156, от 13.04.2016 N 03-07-09/21127). Соответственно, покупатель не вправе принять к вычету НДС со стоимости перевозки по такому счету-фактуре.
Перевыставлять счета-фактуры могут только посредники - агенты и комиссионеры.
Поэтому проще всего включить стоимость услуг перевозчика в цену товара. Тогда продавец начислит НДС с договорной стоимости товара (включая стоимость его доставки) и примет к вычету НДС по счету-фактуре перевозчика. В свою очередь покупатель примет к вычету НДС с полной стоимости товара (включая стоимость доставки) в обычном порядке.