Электронные документы можно сдать только через интернет или личный кабинет на сайте ФНС. И только если они составлены по утвержденным форматам (п. 2 ст. 93 НК РФ). Например, утвержденные форматы есть у счетов-фактур, первички на отгрузку товара или выполнение работ (приказы ФНС России от 30.11.15 № ММВ-7-10/551@, от 30.11.15 № ММВ-7-10/552@ , от 04.03.15 № ММВ-7-6/93@).
ФНС разрешает отправить по электронке некоторые документы, у которых нет утвержденных форматов (письмо ФНС России от 23.11.15 № ЕД-4-2/20421). Например, договоры и таможенные накладные. Документы надо отсканировать и приложить к описи, формат которой утвердила ФНС (приказ от 29.06.12 № ММВ-7-6/465@). Сканы надо заверить электронной подписью.
В кодексе нет правил, которые разрешают передать электронные документы на флешке или диске. Инспекторы посчитают их непредставленными и оштрафуют компанию на 200 рублей за каждый документ (п. 1 ст. 126 НК РФ).