1. Замените счета-фактуры на вычет.Если не готовы спорить, воспользуйтесь другими неиспользованными вычетами.Если нет, то доплатить налог, пени и подать уточненку.
2. Используйте корректирующие счета-фактуры.Если партнеру доначислили НДС, например из-за неверной ставки, он вправе перевыставить вам корректировочный счет-фактуру. Как показала практика, судьи в такой ситуации на стороне компании. Они снисходительны к погрешностям счетов-фактур. (постановление Арбитражного суда Уральского округа от 07.10.2020 № Ф09-5276/20.)
3. Взыщите потери с партнера.Если инспекторы сняли вычеты из-за неверного счета-фактуры или из-за того, что партнер неверно представил информацию, потери можно переложить на него. Но взыскать с контрагента неполученный вычет НДС можно при условии, что вы прописали это в договоре и подписали заверения об обстоятельствах (ст. 431.2 ГК). Например, он заверил, что исполнит сделку сам, представит все документы, у него нет налоговых и иных проблем и т. п.
В случае если партнер подведет, он и должен возместить вам убытки, в том числе налоговые. С этим согласился Верховный суд (определения от 14.02.2020 № 304-ЭС20-393, от 28.09.2017 № 308-ЭС17-13430).