Если самозанятый превысил лимит по доходам, то он утрачивает право на применение НПД. Но доходы, полученные до этого момента, облагаются в прежнем порядке. При этом на компания-покупателя обязана удерживать НДФЛ и страховых взносов с доходов бывшего самозанятого, которые он получил после утраты права на НПД. Перезаключать договор в этой ситуации необязательно.
Письмо ФНС от 20.02.2019 № СД-4-3/2899@)