Компания обязана начислить НДС с реализации (п. 1 ст. 146 НК). При этом не важно, кому продают товар — организации или «физику».
Продавец вправе не предъявлять счет-фактуру покупателю, который не платит НДС. Но документ необходимо составить и зарегистрировать в книге продаж (письмо Минфина от 01.04.2014 № 03-07-09/14382).
Возврат товара налоговики считают обратной реализацией для НДС. Если покупатель вернул брак, тоже могут быть споры. Но вам вернул товар «физик». Он не платит НДС и не выставит счет-фактуру. В таком случае продавцу разрешают заявить вычет по отгрузочному счету-фактуре (письмо Минфина от 25.07.2018 № 03-07-14/51966). При этом с 1 января 2019 года ФНС рекомендовала на любой возврат при отмене сделки составлять корректировочный счет-фактуру (письмо от 23.10.2018 № СД-4-3/20667@). При этом вычет надо заявить в течение года с момента возврата покупки (п. 4 ст. 172 НК).