Чиновники считают, что у этой ситуации два сценария:

компания может сохранить ЕНВД, занимаясь торговлей и доставкой одновременно. Для этого надо включить доставку в договоры купли-продажи как обязательное условие и учесть ее в цене товаров. Тогда услуга будет считаться единым целым с розницей.
установить тарифы по доставке, заключать отдельные договоры по услугам. В этом случае это уже отдельный бизнес, который не подпадает под ЕНВД.

Такова же позиция Минфина по другим допуслугам (упаковке, сборке и установке товаров).