Кодекс разрешает зачитывать между собой налоги одного вида (п. 1 ст. 78 НК). Например, федеральные налоги можно зачесть в счет федеральных. Страховые взносы можно зачитывать только в счет взносов того же вида (п. 1.1 ст. 78 НК).
Налог на прибыль компании перечисляют в два бюджета — федеральный и региональный. Но несмотря на это, налог на прибыль — федеральный платеж (п. 5 ст. 13 НК). Переплату по нему, в том числе по региональной части, можно зачесть только в счет федеральных налогов, например в счет НДС. Налог на имущество и транспортный — региональные (ст. 14 НК). Их не получится уплатить за счет излишка по налогу на прибыль.
Чтобы провести зачет, подайте в налоговую заявление (приказ ФНС от 14.02.2017 № ММВ-7-8/182@). Решение о зачете инспекторы примут в течение 10 рабочих дней с момента, когда получили заявление. Если налоговики предложили провести перед зачетом сверку, то 10 дней нужно отсчитывать с даты акта сверки (п. 8 ст. 78 НК). О решении контролеры сообщат в течение пяти рабочих дней.