Компания является налоговым агентом как для сотрудников головного офиса, так и для работников подразделений. Налоговый агент обязан отчитываться о доходах «физиков» по форме 6-НДФЛ (п. 2 ст. 230 НК).
НДФЛ с доходов всех работников компания платит в одну налоговую, но по разным ОКТМО. В форме 6-НДФЛ налоговый агент так же записывает ОКТМО. В отчете нельзя поставить сразу несколько кодов. Поэтому заполняйте отдельный отчет 6-НДФЛ на каждое подразделение и головной офис. Не имеет значения, что компания сдает отчеты в одну налоговую (письмо ФНС от 01.08.2016 № БС-4-11/13984@).