В чем проблема: компании считают налог на имущество по остаточной стоимости, которую формируют по бухгалтерским правилам. Налоговики проверяют учетную политику и доначисляют налоги, если считают, что компания неправильно выбрала способ для бухучета.
Какие изменения в бухучете нужно учитывать в спорах

В 2017 году статус федеральных стандартов по бухучету получили ПБУ, которые приняли в период с 1 октября 1998 года (п. 1.1 ст. 30 Закона № 402-ФЗ). Когда компания определяет учетную политику, она обязана в первую очередь применять ПБУ. И только когда не обнаружила подходящего для себя способа, она вправе обратиться к иным документам. Но не к указаниям и рекомендациям Минфина, а к МСФО (п. 7.1 ПБУ 1/2008).
Кроме того, сейчас по закону о бухучете Минфин не вправе рекомендовать, как применять бухгалтерские правила (п. 1 ст. 23 Закона № 402-ФЗ). Ведомство обязано разъяснять НК, а вот рекомендовать методы для бухучета — нет (п. 7.7, 7.8 Регламента, утв. приказом Минфина от 15.06.2012 № 82н).
Получается, что сейчас компания действительно не обязана применять методические рекомендации и указания Минфина, если они касаются бухучета. Но на практике их по привычке применяют не только компании, но и контролеры. Иногда это бывает не в пользу организаций.