Не нужно восстанавливать НДС, когда списываете основное средство. Налоговики признали, что этого не требует НК. Такой вывод ФНС сделала впервые в письме от 16.04.2018 № СД-4-3/7167@ (ответ на частный вопрос).
Компания вправе получить вычет НДС со стоимости основного средства, которое приобрела для облагаемых операций. Восстановить налог нужно, только если возникают обстоятельства, которые перечислили в пункте 3 статьи 170 НК.
Но до сих пор инспекторы требовали уплатить в бюджет сумму НДС с остаточной стоимости актива и в некоторых других случаях. Например, если компания выводила такой актив из состава основных средств еще до окончания срока его полезного использования. В этом контролеров поддерживал и Минфин (письмо от 17.02.2016 № 03-07-11/8736).
Чиновники рассуждали так: раз основное средство списали, то компания перестала его использовать в облагаемых операциях. Значит, нет оснований считать, что организация вправе оставить в силе вычет НДС, и должна вернуть бюджету налог с остаточной стоимости.
Практика в пользу компаний на уровне ВАС сложилась больше 10 лет назад (решение ВАС от 23.10.2006 № 10652/06).
Тогда еще судьи решили, что инспекторы не вправе требовать от организации больше, чем прописано в НК. Перечень оснований для того, чтобы восстановить налог, закрытый. Но только теперь ФНС с этим согласилась.
ФНС сослалась в письме на решение № 10652/06. Оно касается ситуации, когда имущество компании украли. Налоговики распространили такой вывод и на досрочную ликвидацию.