Даже если источником обеспечения субсидии, выделенной из бюджета субъекта РФ, являются межбюджетные трансферты, она не может рассматриваться как субсидия из федерального бюджета.
НК РФ предусматривает, что восстанавливать ранее принятый к вычету НДС нужно, когда для возмещения затрат на оплату приобретенных товаров, работ или услуг получена субсидия из федерального бюджета. При выделении средств из бюджетов других уровней это положение не применяется.

Письмо Минфина России от 30.08.2016 N 03-07-11/5050