Переплату по НДФЛ можно зачесть в счет предстоящих платежей по этому налогу. Но только если речь идет о суммах, которые организация излишне удержала у работников и перечислила в бюджет (письмо Минфина от 22.01.2018 № 03-02-07/1/3224). Если же налог переплатили из-за ошибки в платежке, зачесть его в счет будущих платежей нельзя.
Удержали лишний налог. Если вычли из зарплаты сотрудника лишний НДФЛ, деньги нужно ему вернуть. Для этого в течение 10 рабочих дней письменно сообщите сотруднику об излишнем удержании (абз. 2 п. 1 ст. 231 НК). Форма уведомления — свободная. Попросите написать заявление на возврат денег. Налог верните работнику на карту в течение трех месяцев за счет сумм, которые удерживаете у сотрудников (п. 1 ст. 231 НК). Фактически эта операция и будет зачетом НДФЛ. Если уверены, что в отведенный срок вернуть переплату не успеете, за возвратом обратитесь к налоговикам (абз. 6 п. 1 ст. 231 НК). Бланк заявления на возврат есть в приказе ФНС от 14.02.2017 № ММВ-7-8/182. Приложите к нему выписку из регистра по НДФЛ и платежки.
+

Переплатили налог по ошибке. Если переплата связана, например, с ошибкой в платежке, то зачесть эту сумму в счет будущих платежей по НДФЛ не получится. По мнению Минфина, в такой ситуации компания перечисляет в бюджет собственные деньги. Лишние суммы не удерживали у сотрудников, значит, это не НДФЛ. Ведь платить налог за счет компании нельзя (п. 9 ст. 226 НК). Значит, и зачет в счет будущих платежей невозможен. Такую переплату вы вправе вернуть, зачесть в счет недоимки по НДФЛ либо направить на уплату других федеральных налогов (письмо ФНС от 06.02.2017 № ГД-4-8/2085).

Еще один вариант возможен, если переплатили НДФЛ из-за ошибки в КБК. Например, КБК для НДФЛ поставили вместо кода по НДС. Такую платежку можете уточнить (письмо ФНС от 10.10.2016 № СА-4-7/19125). Заявление на уточнение составьте в свободной форме и сдайте в инспекцию. После этого налоговики переведут деньги на нужную лицевую карточку.
Источник: письмо Минфина от 22.01.2018 № 03-02-07/1/3224