Исправить ошибку можно двумя способами.

Первый способ - нечаянную переплату по пеням зачесть в счет налога. Но при этом налог считается перечисленным в день, когда инспекторы приняли решение о зачете (п. 3 ст. 45 НК). Получится, что компания все равно опоздала с платежом. За время, которое прошло со дня ошибки до решения о зачете, потребуется перечислить пени.

Второй способ - уточнить платежку. В этом случае инспекторы будут считать, что компания выполнила обязательства в день, когда банк исполнил ошибочное поручение (п. 7 ст. 45 НК). Значит, нет оснований начислять пени за просрочку со дня платежки.