НДФЛ облагаются любые доходы работников, которые кодекс не освобождает от налога. Жилье за счет компании - доход в натуральной форме. Он не перечислен в НК РФ как необлагаемая выплата. Поэтому Минфин считал, что с оплаты за аренду квартиры нужно исчислять НДФЛ (письма от 13.08.2014 № 03-04-06/40543, от 26.08.2013 № 03-04-06/34883).

В то же время в большинстве случаев компания платит за аренду жилья для работников в своих интересах. В частности, чтобы привлечь ценных сотрудников из других городов и регионов. Раз в первую очередь в оплате жилья заинтересована компания, работник доход не получает. Но раньше доказать это удавалось только в суде (обзор ВС РФ от 21.10.15).

В письме № 03-04-06/64421 Минфин согласился с судьями. Доход можно освободить от НДФЛ, если компания платит за аренду в своих интересах. В этом случае стоимость съема жилья - компенсационная выплата. Но это нужно доказать.