Заменить только счет-фактуру универсальным передаточным документом нельзя (письмо ФНС от 22.08.2018 № АС-4-15/16298@).
Универсальный передаточный документ (УПД) может оформляться с одним из статусов:
статус «2» — УПД заменяет только первичный документ (накладную, акт);
статус «1» — УПД заменяет и первичный документ, и счет-фактуру.

Налогоплательщики вправе, но не обязаны использовать УПД вместо первичного документа и счет-фактуры, но в большинстве случаев это удобно.Так, если компания оформляет документы на бумаге, то при использовании УПД может печатать один документ вместо двух.
Не запрещено одновременное применение по некоторым операциям (работе с некоторыми контрагентами) УПД, а по другим — счетов-фактур.
Кгда возникает обязанность составить счет-фактуру (например, при получении аванса) безопаснее оформить именно счет-фактуру, а не УПД.