Номер таможенной декларации и ее регистрационный номер - названия строк схожи, но это разные реквизиты. Регистрационный номер - это часть номера таможенной декларации (письмо ФНС России от 30.08.2013 № АС-4-3/15798).

Регистрационный номер берите из первой строки графы, А основного и добавочных листов таможенной декларации. Номер присваивают таможенники, когда принимают декларацию. Реквизит заполняйте, даже если продаете импортный товар в российской упаковке (письмо Минфина России от 07.04.2017 № 03-07-09/20667).

Если компания перепродает импортные товары, то номер возьмите из счета-фактуры поставщика. Можно не ставить номер, если поставщик забыл отразить данные в своем счете-фактуре. Также не нужен номер, если продавец не выставлял счет-фактуру. Например, он применяет специальный режим. В этом случае в графах 10 и 11 счета-фактуры на отгрузку ставьте прочерки (письмо Минфина России от 20.08.2015 № 03-07-08/48092).