Неожиданный минус на едином счете компании связан с пересчетом пеней, которые ранее начисляли по 1/300 ключевой ставки (п. 5 ст. 75 НК)
Что поможет оспорить дополнительные пени
1. Неправильная ставка по пеням — не арифметическая ошибка. Доначисления ухудшают положение компании. Инспекторы вправе изменить решение о налоговых начислениях, когда произошла арифметическая ошибка (п. 44 постановления Пленума ВАС от 30.07.2013 № 57). Однако к таким ошибкам не относится неправильная ставка расчета пеней (письмо ФНС от 06.09.2021 № СД-4-2/12622). Этим аргументом сможете воспользоваться, если расчет пеней привели в решении по проверке. Если же расчет не указали, то и пересчитывать было нечего.
2. Время для взыскания недоимки прошло. Можно воспользоваться нормами НК о процедурах и сроках взыскания недоимок. При отрицательном сальдо на ЕНС больше 3000 руб. требование об уплате недоимки необходимо выставить за три месяца (п. 3 ст. 70 НК). Следом компания должна была получить решение о взыскании задолженности (п. 4 ст. 46 НК).

В 2023 и 2024 годах срок для требований и решений о взыскании долгов продлили до шести месяцев (п. 1 постановления Правительства от 29.03.2023 № 500). Учитывая, что основанием для взыскания пеней следует считать решение по результатам налоговой проверки, все сроки, должны исчисляться с даты вступления в силу такого решения.