Налоги и взносы по-прежнему следует отражать на субсчетах по каждому налогу и взносу отдельно. В течение года делайте проводки по начислению каждого налога и взноса, уплате ЕНП, зачету ЕНП в счет обязательств и возврату положительного сальдо счета.
В балансе сальдо ЕНС как остаток по счету учета расчетов с бюджетом нужно отразить в согласованных суммах в составе дебиторки или кредиторки. Данные учета компании следует сверить с информацией налоговиков. Можно заказать сверку или получить данные о сальдо из справок:

о наличии сальдо ЕНС;
о принадлежности сумм денежных средств, перечисленных в качестве ЕНП;
об исполнении обязанности по уплате налогов, сборов, пеней, штрафов, процентов.