Вычет НДС у покупателя во многом зависит от его поставщиков. При этом компания не может влиять на продавца и контролировать его действия. Получается, если поставщик не исполняет свои обязанности, ответственность за него несет покупатель.

Если уверены, что документ должен быть, предъявите поставщику письменное требование о передаче счета-фактуры. Если отказывается, есть смысл обратиться в суд.
На стадии заключения договора предусмотрите в нем обязанность контрагента своевременно выставлять счета-фактуры. Кроме того, закрепите санкции за нарушение этой обязанности.