В расчете и уведомлении разные суммы
Ошибки в уведомлениях вы можете обнаружить уже после того, как сдадите расчет 6-НДФЛ за те же периоды. Тогда данные в отчетности разойдутся со сведениями, которые вы ранее отражали в уведомлениях. Уточнять уведомления не нужно. Инспекторы их уже не примут. Расчет имеет приоритет перед уведомлениями, поэтому данные на ЕНС отразят на основании 6-НДФЛ. Если из-за ошибок вы недоплатили налог в какой-то из периодов, могут начислить пени.
Вернули работнику излишне удержанный НДФЛ
В уведомлении вы отражаете сумму, которую фактически удержали у работника. После перерасчета уменьшите НДФЛ на сумму, которую вернули работнику. Уменьшать налог нужно за тот период, в котором вы перечислили деньги сотруднику. Прошлые уведомления не корректируйте.