По данным налоговиков, чаще всего в отчетности допускают следующие нарушения:
не соблюдают контрольные соотношения;
некорректно отражают сведения, содержащиеся в счет-фактуре;
неправильно отражают коды вида операций;
некорректно указывают стоимость товаров по счету-фактуре при ее отражении в нескольких налоговых периодах;
указывают неверный номер заявления о ввозе товаров и уплате косвенных налогов;
не восстанавливают НДС с предоплаты в счет предстоящих поставок в налоговом периоде, в котором суммы налога по приобретенным товарам (работам, услугам) подлежат вычету, или в том налоговом периоде, в котором произошло изменение условий либо расторжение договора и возврат предоплаты;
неправильно отражают в декларации коды видов операций при выставлении, получении исправленных и корректировочных счетов-фактур и проч.
В НК закрепили закрытый перечень оснований, по которым ИФНС вправе не принять декларации. Одно из таких оснований – декларация по НДС не соответствует контрольным соотношениям, утвержденным ФНС (п. 4.1-4.2 ст. 80 НК)