После ввода в действие поправок компаниям и предпринимателям с доходами свыше 60 млн руб. придется стать практически полноценными плательщиками НДС, правда, можно будет применять пониженные ставки при определенных условиях::
Какие ставки НДС можно будет применять на упрощенке
Ставка НДС Кто вправе применять
5 процентов Компании и предприниматели на упрощенке с доходами в пределах 250 млн руб., которые не получили освобождение от НДС
7 процентов Компании и предприниматели на упрощенке с доходами свыше 250 млн, но до 450 млн руб., которые не получили освобождение от НДС

Законодатели не только повысили налоговую нагрузку из-за НДС, но и добавили обязанностей упрощенцам. Нужно будет выставлять счета-фактуры, вести книгу продаж и сдавать декларации по НДС в электронном виде (ст. 174 НК). При этом право на вычет по НДС компании и бизнесмены не получат, если станут применять пониженные ставки.

На упрощенке с объектом «доходы минус расходы» входной НДС по-прежнему можно будет учитывать в расходах (подп. 8 п. 1 ст. 346.16 НК). Кроме того, для пониженных ставок потребуется подавать в ИФНС специальное заявление. Представить заявление в налоговую нужно будет не позднее 20-го числа месяца, следующего за периодом, с которого начали применять пониженные ставки.