Комиссии маркетплейсов считают расходами продавца. Включайте эти суммы в состав затрат, если применяете УСН с объектом «доходы минус расходы» (подп. 24 п. 1 ст. 346.16 НК). Если применяете УСН с объектом «доходы», уменьшить налог на комиссию маркетплейса не получится: это не предусмотрено НК.