Обычно для налоговых оговорок по НДС используют две статьи ГК: статью 406.1 «Возмещение потерь, возникших в случае наступления определенных в договоре обстоятельств» и статью 431.2 «Заверения об обстоятельствах».

По статье 406.1 ГК стороны вправе согласовать любые обстоятельства, при наступлении которых поставщик обязан возместить покупателю имущественные потери.
По статье 431.2 ГК продавец гарантирует, что он добросовестный контрагент. Например, что отразит выручку и НДС по сделке в бухгалтерском и налоговом учете, полностью заплатит налоги, правильно оформит счета-фактуры. Если продавец нарушит заверения, то обязан возместить покупателю налоговые убытки. Однако в отличие от статьи 406.1 ГК взыскать ущерб по статье 431.2 ГК можно, только доказав, что между убытком и недостоверным заверением есть прямая связь. А для этого нужны акт или решение по налоговой проверке, из которого будет ясно, что налоговый разрыв произошел именно из-за поставщика. Поэтому в оговорке важно четко прописать, что представляет собой налоговый разрыв по НДС, в чем он заключается и чем подтверждается. Сделайте упор на то, что контрагент должен соблюдать требования статьи 54.1 НК.