Удерживайте НДФЛ только с тех доходов сотрудников-нерезидентов, которые они получают от источников в РФ. А чтобы правильно определить источник дохода, загляните в трудовые договоры работников (письмо Минфина от 25.12.2023 № 03-04-05/125820). В трудовом договоре должны быть четко указаны фактическое место работы сотрудника и условия труда на нем. От этого и зависит определение источника дохода.

Если сотрудник фактически находится и работает за границей, пусть и на российского работодателя, его зарплата — доход от источников за пределами РФ. При условии, что его работа не является дистанционной (гл. 49.1 ТК).