В письме от 05.05.2017 № 03-04-06/28037 Минфин сказал, что бухгалтеры должны начислять и платить НДФЛ с аванса (первая часть зарплаты) в двух случаях.
Первый случай — если ранее был исчислен НДФЛ с матвыгоды
Второй случай — если налог исчислен с доходов в натуральной форме.
В этих случаях налог не с чего платить, кроме как с зарплаты. И Минфин говорит: не дожидайтесь расчета всей зарплаты за месяц, платите налог сразу с аванса.

Если же матвыгоды и натуральных доходов нет, то НДФЛ нужно платить в общем порядке. То есть перечислить его в день выплаты второй часть зарплаты. Например, работник получил аванс 20 мая. А вторую часть зарплаты — 5 мая. Значит, НДФЛ нужно уплатить не позднее следующего рабочего дня. То есть 5 или 6 мая.