Если в цену ж/д билета входит питание, НДС к вычету не берите
Стоимость билета в бизнес-класс спишите в расходы
Если даты билетов не совпадают с приказом, начислите взносы
Если человек остался в месте командирования только на выходные или праздничные дни, то оплата проезда до места работы не приведет к возникновению у него экономической выгоды. В Минфине полагают, что проездные расходы, несмотря на нестыковку дат, все равно связаны с выполнением служебного поручения. А значит, на них распространяется освобождение от НДФЛ. Но только при условии, что такая замена дат согласована с работодателем

Если же после окончания командировки сотрудник уходит в отпуск и решил провести его в месте командирования, то оплата обратного билета считается натуральным доходом работника. Значит, нужно удержать НДФЛ (п. 1 ст. 217 НК).