Суд (Решение АС г. Москвы от 13.09.2023 № А40-160100/2023) напомнил, что вышестоящий налоговый орган имеет право провести повторную проверку в порядке контроля за деятельностью налогового органа, проводившего первичную проверку (п. 10 ст. 89 НК). Запрета на проведение повторной проверки в тот же день, когда принято решение по первоначальной проверке, в кодексе нет.
Компания не доказала, что повторная проверка «не отвечает требованиям необходимости, обоснованности и законности» и как-то нарушает ее права.
При повторной проверке деятельность компании проверяют за тот же налоговый период фактически заново и в полном объеме. В результате не исключено, что вышестоящий налоговый орган переоценит выводы первичной проверки и выявит недоимку. КС это допускает (п. 5 постановления от 17.03.2009 № 5-П).
В такой ситуации компании начислят пени. Но штраф применить не смогут. На это есть прямой запрет в пункте 10 статьи 89 НК. Исключение — ситуация, когда был сговор налогоплательщика и должностного лица налогового органа, проводившего первоначальную проверку.