В случае обнаружения налоговым агентом после представления в налоговый орган расчета по форме 6-НДФЛ за девять месяцев 2016 года ошибки в части завышения суммы налога в расчете по форме 6-НДФЛ за первый квартал 2016 года, налоговому агенту следует представить в налоговый орган уточненный расчет за соответствующий период. Поскольку расчет по форме 6-НДФЛ составляется нарастающим итогом за первый квартал, полугодие, девять месяцев и год, то в данной ситуации уточненный расчет по форме 6-НДФЛ следует представить за первый квартал, полугодие и девять месяцев 2016 года.
Письмо ФНС России от 15.12.2016 · № БС-4-11/24062