С июля 2017 года надо восстанавливать НДС, если компания получает субсидии из любого бюджета. Сейчас компания обязана восстановить НДС, только если получила субсидию из федерального бюджета
Подп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ в ред. закона № 401-ФЗ